Le riz est cuit dans une grande cuve, à la vapeur, de préférence sèche. Il faut peu d'humidité et des températures élevées, car les perles ne doivent pas coller, pour favoriser le développement du champignon durant la fabrication du koji. La cuisson dure environ une heure. Comme on travaille à la vapeur sèche, la surface des perles reste relativement sèche et la graine est bien cuite à l'intérieur. On laisse ensuite refroidir le riz. Le riz ainsi cuit a deux destinations : une partie est utilisée pour le koji (saccharification et levurage), et l'autre partie est directement placée dans la cuve de fermentation principale.